Histoire ; Octobre 1986, les membres de la richissime famille Ushiromiya se réunissent sur une île nommée Rokkenjima appartenant au chef de la famille, Kinzo. Le médecin de famille a annoncé qu'il ne restait à ce dernier plus que trois mois à vivre, ses héritiers se réunissent donc pour négocier le partage de l'héritage et désigner celui ou celle qui prendra la tête de la famille. En plus des membres de la famille Ushiromiya, un certain nombre de serviteurs habitent sur l'île, ainsi qu'un docteur attitré. Cependant, peu après l'arrivée de la famille, un typhon se déclare, empêchant ces derniers de quitter l'île. Peu après, d'étranges évènements surviennent et des personnes se font tuer.

Les chapitres de la saison 1 ;

La première partie des jeux, sous le nom de Umineko no Naku Koro ni (litt. Quand les Goélands Pleurent), est composée de 4 chapitres qui introduisent le joueur aux mystères des meurtres perpétrés sur l'île Rokkenjima et de la légende de la sorcière d'or. De nombreux mystères sont introduits et peu de réponses sont données dans cette partie de l'histoire, obligeant le joueur à forger ses propres théories.

• Chapitre 1 : Legend of the Golden Witch (litt. La légende de la sorcière d'or) ;
Les membres de la famille Ushiromiya se réunissent sur l'île Rokkenjima pour leur conférence annuelle et pour discuter du partage de l'héritage. Il s'agit d'un chapitre introductif qui présente au joueur les 18 habitants de l'île Rokkenjima (la famille elle-même et le personnel) et qui suppose l'implication d'une 19e habitante qui serait la sorcière Béatrice, laquelle serait la cause des meurtres. L'histoire est principalement racontée du point de vue de Battler.

• Chapitre 2 : Turn of the Golden Witch (litt. Le tour de la sorcière d'or) ;
Ce chapitre tourne autour de la première confrontation directe entre Battler et Béatrice, et la première offensive de celle-ci. Chacun d'eux se voit obtenir une existence parallèle et indépendante afin de participer une nouvelle fois aux évènements de Rokkenjima. Contrairement au premier chapitre, Béatrice joue un rôle plus important dans le jeu et suggère l'existence d'entité surnaturelle et même de pouvoirs magiques que certains habitants de l'île détiendraient. Ce chapitre introduit également les Sept Sœurs du Purgatoire, des serviteurs aux ordres de Béatrice. Ce chapitre possède plusieurs points de vue, notamment ceux de Jessica, Shannon, George et Kanon, et développant leurs passé et relations.

• Chapitre 3 : Banquet of the Golden Witch (litt. Le banquet de la sorcière d'or) ;
Dans ce chapitre, l'intrigue est plus centrée sur la résolution de l'énigme de l'épitaphe de Béatrice. Cela mène à l'introduction d'un nouveau personnage qui interférera avec le jeu de Battler et Béatrice. D'autres nouveaux personnages sont aussi introduits tels que Ronove, Virgilia et la Brigade des Sœurs Siesta. Ce chapitre donne quelque détails sur le passé d'Eva et de Béatrice, et leur point de vue est mis en avant.

• Chapitre 4 : Alliance of the Golden Witch (litt. L'alliance de la sorcière d'or) ;
Ce chapitre introduit le personnage d'Ange, la petite sœur de Battler, et sa vie après les évènements de 1986 du 3e jeu. L'histoire jongle entre les évènements de 1986 de ce nouveau jeu (l'époque des meurtres) et ceux de 1998 (l'époque d'Ange) et fournit quelques éléments de background supplémentaires à certains personnages. De nouveaux personnages sont introduits, tels que Gaap, Siesta 00, Sakutaro, ainsi que quelques humains normaux tels que Kasumi, Okonogi (Déjà vu dans higurashi no naku Koro ni) et Amakusa.

Chapitre de la saison 2 (/!\ Cette saison n'est sortie qu'en Visual Novel au Japon ! /!\) ;

La seconde partie des jeux, sous le nom de Umineko no Naku Koro ni Chiru (litt. Quand les Goélands Pleurent : Dispersion), entre au cœur du mystère et apporte des éléments de réponses aux questions levées dans les chapitres précédents tout en continuant d'avancer dans l'histoire.

• Chapitre 5 : End of the Golden Witch (litt. La fin de la sorcière dorée) ;
Une nouvelle perspective du mystère de la Sorcière d'Or est présentée dans ce chapitre, remettant en cause beaucoup d'éléments. Alors que Battler se rapproche de la vérité après avoir vaincu Béatrice, Lambdadelta et Bernkastel sortent de l'ombre et prennent possession du jeu, entraînant sa dénaturisation: Lambdadelta donne un point de vue plus "malsain" de l'histoire tandis que Bernkastel brise les règles précédentes en introduisant le personnage d'Erika. L'histoire est centrée sur la (voir les) relations entre Battler et Béatrice. Cette fois-ci, le jeu est suspendu avant son dénouement; le destin de la plupart des personnages reste donc inconnu. En réponse au premier jeu, le point de vue de Natsuhi est mis en avant dans cet Episode.

• Chapitre 6 : Dawn of the Golden Witch (litt. L'aube de la sorcière dorée) ;
Suite du précédent jeu avec la présentation d'un nouveau Maître de Jeu, ce chapitre est plus centré sur la compréhension du jeu par son Maître que sur la solution du mystère. George, Jessica, Shannon et Kanon sont présentés comme les personnages principaux, plus deux répliques de Béatrice. Celles-ci ont été créées par le nouveau Maitre suite à son désir de la ressusciter ; cependant toutes ses tentatives ont échoué. Des personnages de l'histoire de 1998 reviennent, des nouveaux apparaissent, et des indices sont donnés concernant la vraie nature de certains personnages (le vrai prénom de Kanon, ou encore l'énigme concernant la naissance de Battler).

• Chapitre 7 : Requiem of the Golden Witch (litt. Le requiem de la sorcière dorée) ;
Cet épisode se déroulant dans un "fragment" créé par la sorcière Bernkastel, place deux nouveaux personnages en jeu : Wright et Lion. Dans ce kakéra, Kinzo et la famille Ushiromiya commémore la mort de Béatrice. Wright, inquisiteur et Lion, enfant de Natsuhi et Krauss, vont devoir découvrir la véritable identité de Béatrice par le biais d'interview de chaque membre de la famille. Cet épisode se base donc principalement sur l'identité de Béatrice et le passé de Rokkenjima, ainsi que sur le passé personnel de Shannon et du mystérieux enfant mort il y a 19 ans.

• Episode 8 : Twilight of the Golden Witch (litt. Le crépuscule de la sorcière dorée) ;
Cet épisode dévoile l'origine des épisodes précédents, mais pas les solutions des meurtres. Il y a également plusieurs fins. Les fins changent en fonction des questions/énigmes posées.